Из шести гробниц, обнаруженных у северной стены, четыре гробницы пристроены к стене базилики. Из них три гробницы первоначально представляли собой прямоугольные углубления, вырубленные в скале и перекрытые плитами на уровне цоколя базилики, позднее они были надстроены из камня и приобрели вид саркофагов, примыкающих к стене базилики. Тела умерших людей укладывали в гробницы в вытянутом положении, головой на запад. При последующих погребениях положение нижних скелетов несколько раз нарушалось. В одной из гробниц было обнаружено 49 погребений, в другой – 37. Инвентарь захоронений не богат. Погребения в гробницах датированы 10-11 веками. При вскрытии гробниц найдены обломки глиняных и стеклянных сосудов, фрагменты железного ножа, два железных гвоздя, а также несколько небольших кусков стенной штукатурки с граффити, образованными тонкой врезной линией.
Склепы у северной стены базилики представляют собой вырубленные в естественной скальной террасе камеры грушевидной формы, почти круглые в плане, диаметром около 2,4 м, высотой от 1,5 до 2 м. Сверху склепы были перекрыты крупными каменными плитами. Входы в склепы расположены с восточной стороны, отверстия закладывались камнями. Склепы были наполнены костями погребённых в них умерших людей, обращённых головами на запад и ногами к входу. Склепами пользовались неоднократно.
Эски-Кермен. Гробница (справа) и оссуарий (слева) могильника под Храмом с крещальней
В одном из склепов было обнаружено около 100 погребений [по мнению Е. А. Паршиной, в этом склепе могли быть осуществлены перезахоронения останков из других погребальных сооружений (Паршина, 1988)], в другом – 30. Датирующим материалом погребений в склепах являются: монета, стеклянные и бронзовые браслеты, образок архангела Михаила, пуговица. Время использования склепов: 11 – начало 12-го веков [по мнению В. Н. Залесской, бронзовый образок архангела Михаила, найденный в одном из склепов у северной стены Эски-Керменской базилики, мог быть изготовлен константинопольским мастером].
Грунтовые могилы содержали индивидуальные захоронения, как правило, без инвентаря. Только одна могила содержала поливную тарелку (с отбитыми краями), характерную для 13-14-го веков [в результате раскопок 1979-1978 годов получен большой антропологический материал. Исследовано 106 черепов. Средний возраст погребённых умерших людей установлен по 89 черепам (без учёта детской смертности): 41,4 года для мужчин и 35,7 – для женщин.
--
Серия черепов, в целом выражено брахикранных, отностися к большой европеоидной расе, хотя в исследованном материале встречаются отдельные черепа с монголоидными признаками. Сравнения рассмотренной краниологической серии с исследованными Г. Ф. Дебецем (Дебец, 1949) синхронными и близкими по времени материалами из могильников Эски-Кермена, Мангуп-Кале, Херсонеса позволило сделать вывод о том, что во всех указанных сериях преобладают близкие комплексы признаков (антропологическая часть подготовлена Т. А. Назаровой) (Паршина, 1988)].
Стратиграфические наблюдения, проведённые в ходе раскопок 1979-1981 годов около северной стены базилики, показали, что первоначально на скале была построена трёхнефная, трёхапсидная базилика. Одновременно или с незначительной разницей во времени к северной стене базилики пристроены гробницы. Несколько позже устраиваются склепы, затем хозяйственная пристройка, восточная стена которой поставлена на перекрытие одного из склепов, и ещё позднее у северной стены апсиды базилики возникает одноапсидная часовня. Грунтовые могилы, расположенные у северной стены базилики, возникли одновременно с часовней.
Е. А. Паршина в своей статье «Эски-Керменская базилика» не оспаривает вывод Ф. И. Шмита о генетической связи Эски-Керменской базилики с Малой Азией, но считает, что аналогии Эски-Керменской базилики следует искать не в 5-6 веках, как полагал Ф. И. Шмит, нов значительно более позднее время. Е. А. Паршина отмечает, что Эски-Керменская базилика существовала длительное время, о чём свидетельствуют как различные пристройки культового, погребального, хозяйственного назначения, так и результаты перестроек самой базилики, по мнению Е. А. Паршиной, могла произойти в 11 веке, при этом полностью была переложена восточная часть базилики, что совершенно изменило её облик, соответственно вкусам нового времени. Автор статьи, анализируя экстерьер апсид и технику каменной кладки восточной части, находит аналогии среди памятников крымской архитектуры этого времени.
Е. А. Паршина отмечает, что значительно труднее судить о первом строительном периоде базилики, поскольку исследователи располагают небольшим фактическим материалом. Автор статьи считает, что пропорции плана Эски-Керменской базилики соответствуют пропорциям херсонесских базилик 8-10 веков и что остатки ранней каменной кладки в западной части базилики Эски-Кермена схожи с кладкой херсонесских храмов 8-10 веков. «Исходя из этого, - пишет Е. А. Паршина, - время постройки Эски-Керменской базилики можно отнести ко времени не ранее 8 века» (Паршина, 1988, с. 50).