Основными гипотезами, сформулированными исследователями Эски-Кермена в связи с результатами раскопок археологов на территории этого города и его округи, являются следующие научные предположения. Н. И. Репниковым на основе результатов первых археологических раскопок в Эски-Кермене, произведённых в 1928-1930 годах, была высказана гипотеза, согласно которой Эски-Кермен есть древний крымский Дорос, в котором располагался наиболее ранний центр средневековой Крымской Готии и Готской епархии в Крыму, и, согласно гипотезе Н. И. Репникова, этот центр изначально не существовал на вершине горы Мангуп, но был перенесён туда позднее, после разрушения системы оборонительных сооружений Эски-Кермена (что могло произойти, по мнению Н. И. Репникова, в период 9-10-го веков или не ранее конца 8-го века), (Репников, 1932а, 1932в).
Вид с плато Эски-Кермен на башню Кёз-Куле (вдалеке)
Наряду с гипотезой о локализации крымского Дороса в Эски-Кермене, Н. И. Репников отождествил Эски-Кермен с описанным в средневековом письменном памятнике «Записка готского топарха» разрушенным городом в области, именуемой автором памятника «Климаты» (Репников, 1932а). В связи с этой гипотезой Н. И. Репниковым было высказано предположение о том, что остатки укрепления Кыз-Куле, находящиеся вблизи горы Эски-Кермена, к северо-западу от северной оконечности её плато, располагаются на месте цитадели – «крепостцы», о сооружении которой повествует «Записка готского топарха» (Репников, 1932а).
Ф. И. Шмит, исследовавший Эски-Керменскую базилику в 1930 году, охарактеризовал её архитектурный облик как необычный для крымской церковной архитектуры и сблизил тип Эски-Керменской базилики с «сирийским» типом базилик. Ф. И. Шмит полагал, что Эски-Керменская базилика построена по сирийским образцам пришлой строительной организацией из Коммагены (области, которая в 1-го века нашей эры входила в состав Сирии, будучи её наиболее северной частью), и что время постройки Эски-Керменской базилики определяется арабским завоеванием Сирии и угасанием сирийской архитектурной традиции в начале 7-го века (Шмит, 1932а).
По мнению Ф. И. Шмита, предположение о том, что Эски-Керменская базилика построена по сирийским образцам, чрезвычайно важно для определения исторического места всего Эски-Кермена. В связи с этой гипотезой Ф. И. Шмит обратил внимание на соответствие описаний древней крепости Рум-Кале, расположенной на берегу реки Евфрат, общей топографии и некоторым конструктивным особенностям Эски-Кермена (Шмит, 1931,1932а).
Е. В. Веймарн высказал предположение о том, что главный сухопутный торговый путь из Северного Причерноморья и степной части Крыма в Херсонес Таврический издавна, ещё в античное время, проходил мимо горы Эски-Кермен, и поселение на плоской вершине горы первоначально возникло в виде естественного убежища, как один из пунктов ночных стоянок караванов (Веймарн, 1958а, 1958б). В дальнейшем убежище на плато горы Эски-Кермена было превращено в мощное укрепление, возможно, с помощью Византии.
--
Однако, по мнению Е. В. Веймарна, некоторые строительные приёмы, использованные при создании системы обороны Эски-Кермена, не характерны для построек Византии, но характерны для местных строительных традиций, которые наблюдаются в древних соружениях тавров (Веймарн, 1958а). Согласно этому предположению Е. В. Веймарна, сочетание древних таврских традиций с приёмами византийской фортификации в Эски-Кермене может свидетельствовать об общности интересов местного населения (состоявшего из потомков тавров, скифов, алан) и Византии в обороне от кочевников.
Согласно другой гипотезе Е. В. Веймарна, «пещерные города» Крыма, особенно большие города, расположенные парами, то есть близко друг к другу, такие как Эски-Кермен и Мангуп-Кале или Кыз-Кермен и Чуфут-Кале, возникли не одновременно. Е. В. Веймарн полагал, что два крупных города, расположенные близко друг к другу, не могли существовать в одно и тоже время и что только разрушение крепостных сооружений Эски-Кермена, которое произошло, по мнению Е. В. Веймарна, в конце 8-го века, мог возникнуть большой город на вершине горы Мангуп (Веймарн, 1958а, 1968).
